1、位置不同，機場南站位於廣州市花都區廣州白雲國際機場1號航站樓。機場北站位於白雲國際機場T2航站樓地底。
2、投用時間不同，機場南站於2010年10月30日正式啓用。機場北站於2018年4月26日正式開通並投入使用。
3、規模不同，機場南站：機場南站的站廳位於地下一層，站廳付費區位於南北兩側，非付費區則設有售票機、客服中心等設施。機場北站：共有三層，其上蓋爲廣州白雲國際機場交通中心以及二號航站樓。地下二層爲地鐵站廳，地下三層爲3號線月臺。機場北站站廳設有售票機、自動售卡/充值機、客務中心，以及自動照相機、自動售賣機等自助服務設施。站臺南端設有一條單渡線，北端則設有交叉渡線，供所有3號線列車進行站後折返的工作
