芽孢桿菌使用前需要在水裏激活，然後纔可以使用到水裏。
足量的芽孢桿菌下水後，一般要1小時內就有效果，肉眼看到效果需要6小時以上，好的芽孢在水體中能持續有效7天以上。芽孢桿菌是水產上最常用的活菌製劑，一般使用的前後3天之內都是不能使用殺菌劑和殺蟲劑的。
芽孢桿菌在水中存活時間
枯草芽孢桿菌是水產養殖行業應用最爲廣泛的真菌，通常情況下能在水塘裏一直生存迭代（有機物豐富，溫度適宜的環境下，父代個體20分鐘就能繁育下一代），且因爲自身能進行假性休眠狀態，所以不做除菌工作的話，枯草芽孢桿菌的存活時間幾乎是無限的。
