上古年間，黃帝打敗蚩尤之後，無法殺死蚩尤，只得把它封印，蚩尤的身體化爲雙角和魔心。
一隻角被黃帝封在神荼山下面，並建立了神荼派，讓他們鎮壓封印，消滅蚩尤餘黨。
魔心被黃帝封印在天上的星辰裏面。
還有一隻角不知所蹤。
然後發生了一些天象變化，揭示蚩尤要復活了。皇埔非常擔心，這時候出現一個叫烏桓的人，對上古年間的時候知道的非常清楚。自稱是炎帝后裔，要來幫助皇埔。
過了幾年烏桓帶了個小女孩來，說這個小女孩的父母都被妖怪殺了。皇埔立刻發現這個小女孩身上有蚩尤氣息。瞭解到她可能是蚩尤的第二隻角轉世。決定收她爲徒，將她引入正道。
後來這個小女孩也就是主角長大之後，在烏桓的安排下，和蚩尤的老部下，刑天，共工，夸父等交手。奪得了他們的內丹，交給烏桓先生，用來封印蚩尤。
但是在戰鬥中她也感受到疑惑，刑天夸父共工並不想和她戰鬥。在重傷共工之後，共工開啟了琉璃幻境，讓她去發掘真正的答案。
在幻境中九黎打敗了自己的心魔和夢魘，瞭解到其實殺自己母親的人是烏桓。於是殺回神荼要報仇。
在重創神荼之後，九黎又大戰師父皇埔，並重傷他。九黎感受到師父手下留情了，於是質問他爲什麼要殺自己的家人。
皇埔表示不知情，這時候烏桓現身，原來他就是蚩尤手下的饕餮。要復活蚩尤需要蚩尤雙角，並用四大手下的力量把雙角送到魔心那裏。
由於其他3人表示事情已經過去，不想再戰。於是饕餮用計讓力量剋制他們的蚩尤角化身九黎去斬殺他們取得他們的內丹。由於九黎的力量也能剋制饕餮，所以他不敢在神荼山動九黎，殺死師父奪得另一隻角之後匆匆逃走。
九黎追饕餮到它老巢，饕餮準備在這裏用人海戰術削弱九黎。但是最後仍然被九黎打敗。於是饕餮獻祭了自己，用4大手下的力量送了一隻蚩尤角上去。雖然蚩尤復活後只有一半力量，但是沒有黃帝的世界是擋不住它的。
接下來就是九黎也殺上天，蚩尤角對蚩尤角，最後終於打敗了蚩尤，將他再度封印
