總店隸屬於新聞出版署，和各地新華書店在業務關係上平行運作
新華書店系形成於1951年，當時，新華書店在北京成立新華書店總店，由總店統一領導管理全國各地新華書店，各省店則負責縣級店管理。
1987年，新華書店總店開始把各地新華書店移交給當地新聞出版局管理，此後，總店和各地新華書店除名稱一致外，彼此運營完全獨立。總店隸屬於新聞出版署，和各地新華書店在業務關係上平行運作各省店則隸屬當地新聞出版局，成爲本省新華系的行政管理店和批發店，地方割據局面由此形成。
正規的新華書店歸哪管
國家新聞出版署。
新華書店的職責特殊性決定了它必須由國家新聞出版署來管理。
新華書店既賣其它出版社出版的正規書刊雜誌外，更重要的另一個職責是出版供應中小學所用的各類教材，同時，黨和國家的一些重要文獻也是由新華書店出版發行的，其中包括黨和國家領導人的講話彙編等等。
正規的新華書店歸哪管
要看不同的地方了，有的省市的新華書店隸屬於省新華髮行集團，有的隸屬於當地文化產業集團，有的隸屬於省出版集團公司，有的隸屬於省新華書店集團公司。像新疆維吾爾自治區這樣的地區，其新華書店就直接隸屬於新疆維吾爾自治區，各個地方的特色不一樣。
