兩種波依定的區別主要表現在價格和藥效上。
在價格方面，由於國外的波依定進入國內的市場首先需要取得許可證同時從國外引進的藥品還要交納關稅、運費等費用再加上從國外進入中國市場的波依定是原研的品種，在研製過程中花費了鉅額的研究經費而國產的波依定大部分都是仿製藥，研究的費用較少，再加上國內的人力成本相對較低，成本也就相對變得較低等原因，所以大部分進口的波依定都是在價格上要高於國產類似的藥品的。
在藥效方面，國外波依定的標準是會有些高於國內波依定的，在純度、吸收等方面比國產的波依定要高。所以，雖然兩種藥物的化學結構相同，國產的波依定還是要略遜於進口波依定的。當然，這也不是絕對的，現在國產藥品的質量層次也已經提高了很多了，國內的一些藥物企業生產的產品已經不亞於進口的藥品了。
當然從另一個方面講，由於國產的波依定是在國外藥品的基礎上根據國人體質改進研製的，因此國內的藥品在劑量及使用方法方面會更適合中國人的體質。因此不需要盲目相信進口藥品，最好前往醫院聽從醫生的建議。
