神探狄仁傑四部總共十個故事，它們分別是使團喋血記、藍衫記、滴血雄鷹、關河疑影、蛇靈 、血色江州、黑衣社、漕渠魅影、金銀奇案、殺人陷阱，所有的故事圍繞狄仁傑李元芳等主角展開串聯，講述狄仁傑在任職期間，盡心盡責，匡扶社稷，破獲奇案的故事！
第一部講述了唐朝時的大臣狄仁傑屢破命案的故事，包括《使團驚魂》、《藍衫記》和《滴血雄鷹》三個小故事。
第二部講述了三個故事《關河疑影》、《蛇靈》與《血色江州》。
第三部講述了武周朝時期大臣狄仁傑屢破奇案的故事，由《黑衣社》和《漕渠魅影》兩個部分組成。
第四部與前三部不同的是，全劇只講述了一個故事，分爲《金銀奇案》與《殺人陷阱》兩部分。
三個故事
有三個故事 《金銀奇案》 《殺人陷阱》 《人骨拼圖》
一朵瓊花帶血復生，引出前朝復仇之謀十二銅人蝕骨熔金，原是天樞殺機之謎大案彌天，對手詭譎狄公重臨，匡扶正義武朝迷案未了，狄仁傑重出江湖神探經典，精彩再現。《瓊花案》：唐武週年間，揚州瓊花觀獨一無二的一株瓊花本已枯死，竟意外復生，且花中似有血色，一時間謠諑紛紜。武則天派太子李旦前往揚州，明爲敕封瓊花實則驅謠辟邪。太子到達揚州後竟意外失蹤，狄仁傑、李元芳受命前往揚州調查。揚州城裏卻是芳齡少女接連被殺、西漢古墓疑似鬧鬼、風流巨賈之妻突然失蹤，案情詭譎，迷離百變。狄公認爲，這些事件都不是孤立的，而是驚天陰謀的一部分……《金人案》：京畿震後，武皇花園內一棵青銅樹因震出土，人心惶惶，武皇急召狄仁傑進京議事。青銅樹上密文顯示武皇陰柔氣重，需鑄天樞輔以金人十二圍繞，並於頂部建造太陽神鳥方可解此大難。武皇孤意製造天樞，命狄仁傑解開太陽神鳥之謎。然則，建造天樞卻引出一樁樁離奇謎案，武氏弟子運送銅料卻盡數失蹤、黃金谷裏機關重重波斯美人引得盲眼畫師命喪他鄉、易大洪袒露蝕骨熔金之法暴斃……經過一番艱苦卓絕的探查，真相終於浮出水面，原來，這場蓄謀已久的大陰謀，最終的目的竟是……
