微波武器的工作機理，是基於微波與被照射物之間的分子相互作用，將電磁能轉變爲熱能。其特點是不需要傳熱過程，一下子就可讓被照射材料中的很多分子運動起來，使之內外同時受熱，產生高溫燒燬材料。較低功率的輕型微波武器，主要作爲電子對抗手段和“非殺傷武器”使用而高能微波武器則是一種威力極強的大規模毀滅性武器。
微波武器是隱形飛機的剋星。這主要是由隱形飛機自身的設計特點造成的。隱形飛機爲了達到隱形目的，需要儘量減少翼面，有的連水平尾翼和垂直尾翼都取消了，這樣就必須採用電傳操縱系統、推力矢量系統等先進技術，才能解決飛機的縱向和橫向安定性、操縱性等問題
