北京地鐵S6線屬容於遠程規劃線路，連接順義、通州、亦莊3座重點新城， 具體規劃站點尚未明確，以下爲北京地鐵2020年版規劃線路中的S6號線經過站點：
三號航站樓站：換乘機場線、機場聯絡線 位於首都機場三號航站樓南側
徐辛莊站：位於徐尹路與京承鐵路交口東
月亮灣站：位於京榆舊線與芙蓉東路交口 預留換乘R1條件
新華大街站：換乘6號線 位於新華東街與濱河北路交口北
通州火車站：位於現狀通州火車站
九棵樹站：換乘1號線位於京塘路與九棵樹西街交口南
大稿村站：位於九棵樹西路與怡樂中路交口
亦莊火車站：換乘亦莊線位於亦莊火車站東側
