兩種辦法1、人工清理水垢。把真空管卸下來，用水沖洗。2、用除垢劑清洗。按容量加入50％的除垢劑，1小時放出。水衝淨即可用醋和漂白粉（水）都可以。
一般情況下，能用物理刮除方法祛除的地方應首選物理刮除法。但是，在太陽能系統內部各設備及管道之間附着的水垢，物理方法無法清除，必須採用化學清洗方法祛除。在太陽能系統設備內部沉結的水垢，質地比較疏鬆，用化學清洗的方法比較容易清除。
首先放掉熱水器內的水。把所有真空管拆下來，用細長的木棍裹上柔軟的布頭，插入真空管內來回抽擦，然後灌水沖洗，來回兩三次即可。
然後向水箱裏注水，一邊用軟刷子刷洗水箱內部，使水箱底部沉澱的水垢從洞口流出。最後按順序把真空管裝回，上水檢查有無漏水。
