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原核生物的啓動子通常位於基因上游(5’端),由幾段保守序列構成。在轉錄起點(TSS)上游約5-10鹼基處有保守序列TATAAT,稱爲pribnow box或-10 box。其AT豐富,有助於局部解鏈。
在大約-35位有一段保守的TTGACA序列,稱爲-35序列或Sextama box,提供RNA聚合酶識別的信號。這兩段序列和轉錄起點都是轉錄必不可少的,稱爲核心啓動子(core promoter)。
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