綠原酸是由咖啡酸與奎尼酸形成的酯，其分子結構中有酯鍵、不飽和雙鍵及多元酚三個不穩定部分。
Microherb研究表明，在從植物提取過程中，往往透過水解和分子內酯基遷移而發生異構化。
由於綠原酸的特殊結構，決定了其可以利用乙醇、丙酮、甲醇等極性溶劑從植物中提取出來，但是由於綠原酸本身的不穩定性，提取時不能高溫、強光及長時間加熱。建議儲存時避光密封低溫儲存。
由結構可以看出它是含有羧基和鄰二酚羥基的極性有機酸化合物，爲酸性。由於分子內含有鄰二酚羥基，受熱、見光易氧化，因此供試液要在陰涼、避光下儲存備用，且高溫和長時間加熱不利於綠原酸的提取。
