乃兒不花最後成了燕王的部下嗎

是的。乃兒不花，原爲元朝太尉，歸明後任官山衛指揮。洪武九年叛歸漠北，洪武二十三年（公元1390年），時爲燕王的明成祖朱棣奉命率軍北征，將乃兒不花招降，歸附明朝後任官山衛指揮使。洪武二十六年（1393年），乃兒不花被告謀反，被明太祖朱元璋下令處死。