首先，南少林與北少林的發源地就不同。南少林的發源可以追溯 到漢朝著名的僧人玄奘，玄奘從印度攜帶回中國的佛教，他在福建的 嵩山結合中國本土的武術文化創立了南少林。北少林的發源則是可以 追溯到唐朝，當時朱元璋遷都大都金陵，將少林寺從嵩山遷至北方， 從此史稱北少林。
其次，南少林與北少林的功夫文化也有很大的差異。從技法上來 說，南少林的拳術更偏向於快速而精準的手法，以敏捷的身法、準確 的招式爲主而北少林的拳術則更突出了力量，講究拳法的硬功夫， 力求達到貼身戰鬥的境界。在對待對手時，北少林一般爲了震懾敵手， 會採用誇張的動作，而南少林則會比較低調。此外，由於南少林更注 重敏捷而準確，所以它的拳術也更具有攻防雙重功能，而北少林就更 能夠體現出攻擊性。
最後，南少林與北少林在文化上也有着較大的差異。
