三個。
三大展區：遺址展區、文化展區、藏經展區。
遺址展區主要展示大報恩寺的發展歷程、寺廟遺址、畫廊遺址及地宮出土文物，分別呈現：千年佛脈、千年對望、前世今生、水工遺址和義井、出土文物（石函、鐵函、阿育王塔）等。
三個展區
大報恩寺位於南京市秦淮區中華門外，是中國歷史上最爲悠久的佛教寺廟，其前身是東吳赤烏年間（238─250年）建造的建初寺及阿育王塔，是繼洛陽白馬寺之後中國的第二座寺廟，也是中國南方建立的第一座佛寺，中國的佛教中心，與靈谷寺、天界寺並稱爲金陵三大寺，下轄百寺。[1][2]
大報恩寺是明成祖朱棣爲紀念明太祖朱元璋和馬皇后而建，明永樂十年（1412年）於建初寺原址重建，歷時達19年，耗費248.5萬兩白銀，十萬軍役、民夫。[21]大報恩寺施工極其考究，完全按照皇宮的標準來營建，金碧輝煌，晝夜通明。整個寺院規模極其宏大，有殿閣30多座、僧院148間、廊房118間、經房38間，是中國歷史上規模最大、規格最高的寺院，爲百寺之首。
三個
大報恩寺遺址博物館南片區展示陳列空間，含括南畫廊、大藏經展廳、臨展廳三大展區，面臨空間體量龐大，文物缺乏的現狀。展陳設計嘗試在沒有文字展示、展品缺乏的情況下，設計一個歷史性與當代性協調，故事性與創意性結合，藝術性與宗教性融合的新時代博物館
