明末黨爭嚴重，東林黨和閹黨鬥爭激烈，當時，魏忠賢身兼秉筆太監和提督東廠的職務，被封爲上公。位高權重，名滿天下，生祠遍天下。京城的太學旁邊，魏忠賢還享受着孔子的祀禮。
朱由檢給魏忠賢安上一個“逆黨”的罪名，撤銷了他的全部職務。十一月初一，朱由檢將魏忠賢貶往鳳陽守墓。五天後，朱由檢突然改變主意，下令將其處死。魏忠賢的朋友暗中派人日夜兼程，把這個消息告訴了赴鳳陽途中的魏忠賢。魏忠賢於是在執行人員到達之前，先行自縊。此時，距朱由校去世還不到兩個半月的時間。朱由檢恨烏及屋。接下來，下令將魏忠賢的親屬和關係密切的朋友處死。
魏忠賢被處死，有的人拍手稱快，有的人感到難以理解，有的人認爲不那麼恰當，有的人甚至爲他鳴冤叫屈，什麼觀點都有。官員們的觀點，有意無意地流露在奏疏當中。朱由檢發現，同情魏忠賢和對處死魏忠賢一事說三道四的人還真的不少。他對此非常憤怒。但他不露聲色，繼續號召官員們暢所欲言，建言獻策，深揭狠批魏忠賢的滔天罪行。他要引蛇出洞，看看究竟有多少人膽敢對他的決斷說三道四。到時候他再一起收拾。
崇禎二年正月，朱由檢開始了他的收拾行動——整肅“逆黨”。
魏忠賢“逆黨”案的案犯人數、案犯名單、罪名種類、量刑標準，悉由朱由檢親自敲定。史稱“欽定逆案”。按照朱由檢當初的要求，此案必須在幾天之內處理完畢。由於辦案官員不知道什麼人是案犯，也沒有掌握案犯的犯罪證據和線索，無從着手。辦案官員矇頭瞎腦地辦了幾次，都不符合朱由檢的要求，結果沒有如期完成任務。但儘管如此，這個驚天大案，從正月廿四日立案，到三月十五日公佈判決書，也只花了四十九天時間。“效率”之高，令人咂舌。
朱由檢在三月十五日，發佈了對“逆黨”案的處理結果：
1、首逆 凌遲處死 魏忠賢，客氏
2、首逆同謀 死刑（立即執行）
崔呈秀，魏良卿，李永貞等五人（劉若愚不久改爲斬監候，終被釋放）
3、交結近侍 死刑（秋後處決）
劉志選，倪文煥，田吉，劉若愚等二十人
4、結交近侍次等 充軍
閻鳴泰，魏廣微等十一人
5、結交近侍又次等 徒三年貶爲平民
顧秉謙等一百二十九人
崇禎二年三月，帝爲詔書頒示天下。
魏忠賢逆案，首逆凌遲者二人：魏忠賢，客氏。
首逆同謀決不待時者六人：呈秀及魏良卿，客氏子都督侯國興，太監李永貞、李朝欽、劉若愚。
交結近侍待秋後處決者十九人：劉志選、樑夢環、倪文煥、田吉、劉詔、薛貞、吳淳夫、李夔龍、曹欽程，大理寺正許志吉，順天府通判孫如冽，國子監生陸萬齡，豐城侯李承祚，都督田爾耕、許顯純、崔應元、楊寰、孫雲鶴、張體乾。
結交近侍次等充軍者十一人：魏廣微、周應秋、閻嗚泰、霍維華、徐大化、潘汝禎、李魯生、楊維垣、張訥，都督郭欽，孝陵衛指揮李之才。
交結近侍又次等論徒三年輸贖爲民者：大學士顧秉謙、馮銓、張瑞圖、來宗道，尚書王紹徽、郭允厚、張我續、曹爾禎、孟紹虞、馮嘉會、李春曄、邵輔忠、呂純如、徐兆魁、薛風翔、孫杰、楊夢袞、李養德、劉廷元、曹思誠，南京尚書範濟世、張樸，總督尚書黃運泰、郭尚友、李從心，巡撫尚書李精白等一百二十九人。
交結近侍減等革職閒住者，黃立極等四十四人。忠賢親屬及內官黨附者又五十餘人
