故事大概講述了一家極具勢力的公司，從事危險生化研究，一部分人想要盜取藥劑，卻不小心打碎了病毒，使得大範圍擴展，底下研究院變成了人間地獄。女主愛麗絲是此公司員工，失去記憶，和這家公司派出的小隊進入了這裏，發現情況比想象的更嚴峻，她在這裏結實了好朋友，失去也看透了擁有婚戒的男友，AI紅後想將病毒永遠關閉在地下，與亦正亦邪的AI與怪物們鬥爭，最終和馬克兩人逃出地底，卻被公司抓去做了研究。
她們一個成了融合了T病毒的生化人，一個成了怪物，馬克失去了記憶，被公司控制，由於公司開啟了地下城，病毒擴散，整個城市淪爲死城，城市會被清理。於是女主一行人救了研究員的女兒想要透過研究員逃離這裏，同時也知道了T病毒的初衷是爲了使體弱的女兒重新站起來才研製的，沒想到會被用於生化實驗。最終逃離搶奪飛機的時候，馬克恢復了記憶，與公司派出的小隊同歸於盡，女主她們逃離活了下來。
但是病毒繼續惡化了，使城市逐漸沙漠化，而公司對女主愛麗絲的監視和捕捉從沒有停止，邪惡的研究員甚至不斷克隆愛麗絲，並殺死她們做研究，但克隆人並沒有愛麗絲本人強大。女主聽到廣播裏有一處未被感染的地方，送夥伴們上了飛機前往，自己卻深入底下城報仇，研究員成了強大的怪物，克隆愛麗絲和愛麗絲共同打敗了怪物，並繼續復仇。
