蛋白質分離純化常用方法有：
1、電泳：
原理：蛋白質在高於或低於其等電點的溶液中是帶電的，在電場中能向電場的正極或負極移動。
步驟：根據支撐物不同，有薄膜電泳、凝膠電泳等。
2、層析：
a原理：離子交換層析，利用蛋白質的兩性遊離性質，在某一特定PH時，各蛋白質的電荷量及性質不同，故可以透過離子交換層析得以分離。如陰離子交換層析，含負電量小的蛋白質首先被洗脫下來
步驟：分子篩，又稱凝膠過濾。小分子蛋白質進入孔內，滯留時間長，大分子蛋白質不能時入孔內而徑直流出。
蛋白純化要利用不同蛋白間內在的相似性與差異，利用各種蛋白間的相似性來除去非蛋白物質的污染，而利用各蛋白質的差異將目的蛋白從其他蛋白中純化出來。每種蛋白間的大小、形狀、電荷、疏水性、溶解度和生物學活性都會有差異，利用這些差異可將蛋白從混合物如大腸桿菌裂解物中提取出來得到重組蛋白。
蛋白的純化大致分爲粗分離階段和精細純化階段二個階段。一般蛋白純化採用的方法爲樹脂法。粗分離階段主要將目的蛋白和其他細胞成分如DNA、RNA等分開，由於此時樣本體積大、成分雜，要求所用的樹脂高容量、高流速、顆粒大、粒徑分佈寬．並可以迅速將蛋白與污染物分開，必要時可加入相應的保護劑（例如蛋白酶抑制劑），防止目的蛋白被降解。
1、機械破碎法這種方法是利用機械力的剪切作用，使細胞破碎。常用設備有，高速組織搗碎機、勻漿器、研鉢等。
2、滲透破碎法這種方法是在低滲條件使細胞溶脹而破碎。3.反覆凍融法生物組織經凍結後，細胞內液結冰膨脹而使細胞脹破。這種方法簡單方便，但要注意那些對溫度變化敏感的蛋白質不宜採用此法
