劃分爲4個區，8個鎮。
1、經濟技術開發區、高新技術產業開發區、花橋經濟開發區、旅遊度假區。
2、張浦鎮、周市鎮、陸家鎮、巴城鎮、千燈鎮、澱山湖鎮、周莊鎮、錦溪鎮。
崑山位於東經120°48′21″～121°09′04″、北緯31°06′ 34 ″～31°32′36″，處江蘇省東南部、上海與蘇州之間。北至東北與常熟、太倉兩市相連，南至東南與上海嘉定、青浦兩區接壤，西與吳江、蘇州交界。東西最大直線距離33公里，南北48公里，總面積931平方公里，其中超過24%是水面。
崑山屬長江三角洲太湖平原。境內河網密佈，地勢平坦，自西南向東北略呈傾斜，自然坡度較小。地面高程多在2.8～3.7米之間(基準面：吳淞零點)，部分高地達5～6米，平均爲3.4米。北部爲低窪圩區，中部爲半高田地區，南部爲瀕湖高田地區。
