三級研究員和四級研究員都是具有研究員職稱的，但級別不同。四級研究員是研究員的入門級，即評上研究員後就是四級，以後隨着資歷的提升和研究成果的積累，達到三級研究員條件後就可以申請晉升爲三級研究員。一般來說，三級研究員的學術水平高於四級研究員。三級研究員的工資和津貼比四級研究員要高。
三級研究員和四級研究員的區別在與等級劃分的不同，能力也就不一樣。因爲研究員的正高分爲四級，等級從高到低依次爲：研究員一級、研究員二級、研究員三級、研究員四級，二級比三級資深，同樣的三級也比四級更加資深一些，評定的時間年限也是不一樣的。
