細菌和真菌的名稱中均有一個“菌”字，同屬微生物，但兩者在生物類型、結構、大小、增殖方式和名稱上卻有着諸多不同。比較如下：
1．生物類型：一是就有無成形的細胞核來看：細菌沒有核膜包圍形成的細胞核，屬於原核生物真菌有核膜包圍形成的細胞核，屬於真核生物。二是就組成生物的細胞數目來看：細菌全部是由單個細胞構成，爲單細胞型生物真菌既有由單個細胞構成的單細胞型生物（如酵母菌），也有由多個細胞構成的多細胞型生物（如食用菌、黴菌等）。
2．細胞結構：細菌和真菌都具有細胞結構，屬於細胞型生物，在它們的細胞結構中都具有細胞壁、細胞膜、細胞質，但卻存在諸多不同，具體表現在：一是細胞壁的成分不同：細菌細胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細胞壁的主要成分是幾丁質。二是細胞質中的細胞器組成不同：細菌只有核糖體一種細胞器而真菌除具有核糖體外，還有內質網、高爾基體、線粒體、中心體等多種細胞器。三是細菌沒有成形的細胞核，只有擬核真菌具有。四是細菌沒有染色體，其DNA分子單獨存在真菌細胞核中的DNA與蛋白質結合在一起形成染色體（染色質）。
3．細胞大小：原核細胞一般較小，直徑一般爲1μm~10μm真核細胞較大，直徑一般爲10μm~100μm。
4．增殖方式：細菌是原核生物，爲單細胞型生物，透過細胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂真菌爲真核生物，細胞的增殖主要透過有絲分裂進行，因真菌種類的不同其個體增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。
5．名稱組成：儘管在細菌和真菌的名稱中都有一個菌字，但細菌的名稱中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述細菌形態的字眼，只有乳酸菌例外（實爲乳酸桿菌）而真菌名稱中則不含有。
