一、車站地址不同
1、昆明南站
位於昆明市呈貢區吳家營街道白龍潭山腳之西。
2、昆明站
位於昆明市官渡區北京路1號。
二、車站規模不同
1、昆明南站
截至2021年2月，昆明南站總建築面積爲33.47萬平方米。站臺規模：16臺30線。
2、昆明站
截至2021年12月，昆明站總建築面積25000平方米。站臺規模：9臺14線。
三、主要線路不同
1、昆明南站
主要線路：滬昆高速鐵路、南昆高速鐵路、昆玉城際鐵路
2、昆明站
主要線路：滬昆鐵路、成昆鐵路、南昆鐵路。
交通樞紐不同。昆明南站，位於中國雲南省昆明市，是中國鐵路昆明局集團有限公司管轄的一座車站，是中國西部地區大型綜合性交通樞紐之一、國家一帶一路規劃中輻射東南亞的重要基礎設施，也是雲南省五網建設中路網的重要交通樞紐。
昆明站，位於中國雲南省昆明市，是中國鐵路昆明局集團有限公司管轄的一等站，是滬昆鐵路、成昆鐵路、南昆鐵路交匯的重要交通樞紐站點。
