第一次衝擊：莉莉絲之卵衝擊地球，毀滅了原本地球的生命之卵白之月亞當所化的生命，黑之月莉莉絲之卵之後衍生了新的生命人類。
莉莉絲
在TV版和劇場版中均未提及，只有漫畫版纔有提及。是在遠古時期，外來的天體帶着生命之卵衝擊到了地球，那外來的天體粉碎成爲宇宙塵埃，而那生命之卵則留在了地球的地下。經過漫長的歲月原本粉碎的塵埃融合成了月球。之所以這一次是第一次衝擊則是因爲，在外來天體衝擊地球的時候原本地球是有着屬於自己的生命之卵的，那就是亞當，衝擊的生命之卵則是莉莉絲。因此原本屬於亞當所化的生命白之月在第一次衝擊中全部死亡。部分帶着強大靈魂的人類則化爲SEELE(魂之座）。
雖然亞當所衍生的生命（或許是早期的人類，爲白之月亞當所化）毀滅了，但是還有十二位使徒存在於世間，這裏漫畫和TV版有很大的出入，漫畫只有十三位使徒，TV版有十八個。而莉莉絲之後也誕生一名使徒。只是前面的使徒都選擇了生命之果，只有漫畫版第十三位（TV版第十八位）使徒選擇了智慧之果，但是因爲選擇智慧之果的原因AT力場太弱無法維持自身的形態，化爲了無數的人類（這些人類由黑之月莉莉絲所衍生）。這裏需要註明一點，亞當是第一使徒，莉莉絲是第二使徒。
第二次衝擊：拔出了原本插在亞當身上的朗努基斯之槍，導致亞當暴走引發第二次衝擊。
在2000年的時候一顆隕石撞擊了地球的南極，導致原本在南極冰川下的亞當暴露在世人的眼中。之後人類爲了防止使徒溯源和亞當融合引發第二次衝擊，拔出了插在亞當身上的朗努基斯之槍，當場便引起了亞當的暴走，雖然當時在把朗基努斯之槍插回去想抑制亞當的暴走卻絲毫沒有作用。
也因爲這一次事件使得亞當的基因和人類的基因產生了連接（也就是生命之果和智慧之果的融合會產生等同於神的力量），產生了反AT力場導致亞當核心破碎，在自爆中灰飛煙滅。而且球上的人類也因此消失了大半都多，而且導致地軸偏轉引發更多的災害。
碇唯之死，引發了碇源堂強烈的復仇慾望和再次見到碇唯的希望，從而不斷謀劃。
之後人類進化研究所所長碇源堂和碇唯結婚，生下碇真嗣。三年後在人類進化研究所的第一次EVA駕駛試驗時，碇唯靈魂被EVA初號機吸收，肉體則溶解在了LCL液體中。碇源堂便是從中提取出了樣本製造出綾波麗用來儲存莉莉絲的靈魂。
之後碇源堂加入seele，開始解析人類補完計劃和死海文書，從中找到了復仇和再次見到唯的方法。
在這裏我給大家說一下seele的計劃—人類補完計劃。seele認爲是莉莉絲之卵引發的衝擊毀滅了原本是亞當之卵所衍生的人類。因此seele認爲黑之月莉莉絲誕生的人類是虛僞的地球的主人，只有白之月亞當誕生的人類纔是地球真正的主人。而白之月的人類已經消失，因此只要讓擁有生命果實的使徒和擁有智慧果實的人類融合就能引發衝擊，消滅莉莉絲誕生的使徒人類，讓萬物重新歸於莉莉絲之卵。
而碇源堂的計劃（簡單來說）分爲兩步，第一步，初號機覺醒第二步，讓自己融合亞當的軀體，引發衝擊。
碇唯原本就是seele的成員，但是唯並不贊成seele的觀點，就是讓人類迴歸莉莉絲，融爲一體，不過卻也贊成seele的表面觀點防止第三次衝擊。而碇唯真正的目的是研究利用EVA的技術讓人類永生。而之所以唯的靈魂會被初號機吸收，其實有很大的原因是唯自己不想出來。因爲在實驗開始之前赤木直子制定過完整的解救方案，但是卻失敗了，當然只從這一點是看不出什麼的，我們在看初號機和力天使的戰鬥，那時候碇真嗣也是被融入了初號機中，但是因爲唯的靈魂和碇真嗣進行了交流，讓真嗣主動脫離了EVA。也就是說憑藉個人的意志是可以脫離EVA的，而唯沒有出來只是因爲她不想出來。
而之後碇唯數次解救碇真嗣，並且吞噬了第十四使徒得到S2機關獲得無限動力。此時的EVA初號機已經完全覺醒，類似於神的存在。
而同時seele也找到了亞當，亞當在引發第二次衝擊之後失去了光之巨人的體型，seele找到亞當之後還原了亞當，讓他成爲了胚胎形狀。之後加持把胚胎狀的亞當帶給了碇源堂，被碇源堂吃了。
而這之後seele開始對NERV展開剿滅行動，讓獲得亞當靈魂的渚薰成爲第五駕駛員，進入NERV總部，接近莉莉絲，試圖提前引發衝擊。但是渚薰和碇真嗣之間產生了莫名的感情，渚薰並沒有和莉莉絲融合，她選擇讓碇真嗣殺死自己。而後seele和NERV撕破臉皮，seele讓戰自派進攻NERV總部，試圖奪走莉莉絲。
之後大家都知道了，碇真嗣駕駛EVA初號機，完全覺醒。碇真嗣試圖用自己的融合亞當的部分和綾波麗中的莉莉絲靈魂融合。結果綾波麗拒絕了碇源堂，選擇解放碇真嗣。
之後人類補完計劃完全展開，所有的黑之月誕生的人類化爲LCL液體歸於莉莉絲。在這裏有兩個結局：一個是漫畫版的結局，人類歸於莉莉絲之後，碇真嗣再次見到了她的父親和母親，不同的是碇源堂沒有了那種無情和冷漠，只有微笑和陪在唯身邊的滿足感。而碇唯依然如記憶中的母親一般美麗慈祥。之後，世界重啓，人類重新迴歸大地。
第二種結局是TV版結局，人類化爲了LCL液體重歸莉莉絲，只有拒絕補完的碇真嗣和明日香沒有消失，之後碇真嗣認爲明日香不來救自己，厭惡明日香同時也厭惡這冰冷的世界，差點殺死明日香（掐住明日香的脖子），而明日香沒有反抗，只是淡淡的說了一句：“你真噁心”。
