第一，基因在染色體上，並不是所有的基因序列都有表達作用。染色體上有些非基因序列和非編碼區序列。比如：端粒和啓動子。
第二，基因不表達還有一種可能是基因突變成了無效基因，有些隱性突變就是這種機制。原來表達的基因突變成了無效基因，而這個基因對生物體的影響又不大，這樣遺傳下去的基因就會出現所有細胞內都不表達的情況。（基因轉錄翻譯有識別、排除錯誤的機制，無效基因表達不出來錯誤蛋白質。）
第三，就是選擇性表達問題。基因分兩種，管家基因、奢侈基因。管家基因是所有細胞必須的，比如DNA聚合酶合成基因、呼吸酶基因，每個細胞都必須表達，否則細胞無法生存。與之對應，奢侈基因只在需要的細胞中表達。奢侈基因是細胞分化的基礎。比如，胚胎階段，胎兒手部的凋亡基因，使原來蹼一樣的肉團變成手的樣子。如果這個凋亡基因在其它細胞中表達，可能就會導致胎兒致死。
