物理清除法：簡單的說就是拿刷子去刷氣盤石，市面上賣的磁鐵刷，魚缸刷都很好用，同時並用換水，效果極佳。缺點是麻煩，角落等地方不易清除，而且常常會搞的整缸雞飛狗跳，缸子一多更是大工程。
化學清除法：使用除藻劑清洗氣盤石，效果普通，優點是對任何藻類都有效，且可有效清除附著在水草、沉木等不易清除地方的藻類。缺點是依據品質不同對魚和生態平衡有一定程度的衝擊。
增氧砂頭氣泡石的清洗方法：
從水中拿出來，用刷子小心翼翼刷乾淨，再將它曬乾，就可以重新使用了，因爲在長時間的使用過程中，潤滑油可能堵住了出氣泡的氣孔，所以可以停止使用氧氣泵一段時間，可以有效地避免這個問題，也能延長氣泡石的使用時間。
