首先是材質上的區別。醫用棉籤有非常嚴格的製作要求，根據國家的標準及醫藥內的行業標準要求製作的。醫用的棉籤一般使用醫用脫脂棉和天然樺木製成。而生活棉籤多爲普通的棉花、海綿頭或者布頭。
其次是使用特點上的區別。醫用棉籤的使用要求必須是無毒、對人的面板或者機體沒有刺激性，有很好的吸水性。而生活棉籤用途很廣泛，其製作成本低，使用沒有嚴格的要求。
再次是產品等級的區別。醫用棉籤因一般多用於處理傷口，因此要求必須是滅菌級的產品，開袋就可以使用。生活棉籤一般都是導電級產品。
最後是儲存條件的區別。醫用棉籤要求保管在無腐蝕性和通風效果良好的室內，不能高溫，相對溼度不能超過80%。而生活棉籤在這方面基本沒有太嚴格的要求，只要有一定的防塵、防水就可以存放。
