多菌靈可與em菌種混用。
但與殺蟲劑、殺蟎劑混用時必須隨混隨用。多菌靈稀釋過後會出現分層現象，需要搖勻後再使用。多菌靈的兌水比例必須根據作物、多菌靈濃度而決定。
一般防治大蔥、韭菜灰黴病時，可用50%可溼性粉劑300倍液噴霧防治茄子、黃瓜菌核病，瓜類、菜豆炭疽病時，可用50%可溼性粉劑500倍液噴霧。
em菌種不能和多菌靈混用：
最好間隔3-5天再使用。
em菌種禁止與抗生素，殺蟲劑，消毒劑等強酸強鹼混合使用。 em菌液的功能作用： 1、增加土壤有益生物，增強土壤滲水、保水、透氣能力，改良土壤性質，促進團粒化，提高土壤肥力。 2、有效促使植物對土壤的有效營養成份的吸收，提高肥料利用率。 3、抑制有害微生物的生存與繁殖，減輕並逐步消除土傳病蟲害。 4、預防病蟲害發生，提高植株抗病蟲能力，分解昆蟲蟲卵。 5、增強植物的代謝功能，提高光合作用，促進種子發芽、根系發達、早開花、多結果，成熟期提前3-5天以上，增加單果重，增加產量20%以上。
