珊瑚玉的形成要追溯至2.5億年到3億年前的古生代、中生代、新生代時期，經過地殼運動及火山爆發形成的鈣化珊瑚石，由於海底大量的火山活動，產生了很多火山灰，富含着一定數量的常量元素（如有色元素鐵、銅、錳等和無色元素鎂、鉀、鈉等）以及微量元素（如鋅、鉻、鎳等）。
如果珊瑚在石化過程中吸附鐵元素爲主，珊瑚石的顏色就是紅色的，如果吸附鎂元素爲主，兼有少許鐵質，那麼珊瑚石的顏色就會是粉紅色或是粉白色的，如果吸附鎂元素，那麼珊瑚的石顏色就是白色的， 吸附銅爲綠色，吸附錳爲黑色 也有橘黃及橙紅色。
吸收了土壤中的礦物質形成的，一般顏色的變化都是因爲鐵元素造成的，根據吸收鐵元素的多少而發生變化。先有了灰色然後是黃色最後纔是紅色，然後紫色最終變成黑色。
