納稅人取得退還的留抵稅額後,應相應調減當期留抵稅額。再次滿足退稅條件的,可以繼續向主管稅務機關申請退還留抵稅額,但上述規定的連續期間,不得重複計算。
計算留抵稅額時:  
借:應收留抵稅額退稅款,  
貸:應交稅費—應交增值稅—留抵稅額退稅。  
收到實際退稅後:  
借:銀行存款,  
貸:應收留抵稅額退稅款。  
交增值稅(留抵退稅)”科目,予以全額衝減若主管稅務機關覈准的留抵退稅額小於申請的留抵退稅額,差額部分也用紅字衝減,會計分錄與不予覈准的類同。