我覺得有三點原因：
一是帝王心思，但凡霸主，臥榻之側豈容他人酣睡。呂不韋勢力極大，又養了諸多門客，政治影響力和經濟實力都對嬴政有較大的威脅。
二是報復心理。嬴政幼時遭到呂不韋欺壓，執掌朝政大權，又要贏政尊他爲相父，對一個心氣很高的少年來說，是不可容忍的，成年之後有權勢就會想要報復。
三是因爲不雅傳聞，民間傳說嬴政母親趙姬和呂不韋有舊，才生下贏政，因此爲了滅悠悠衆口，纔會誅殺呂不韋九族。
因爲呂不韋的權力太大了。呂不韋對於嬴政的幫助是非常大的，這一點肯定是毋庸置疑。但是正是因爲這一點，這個人做了一些不合適的事，最後註定了他會死
首先，呂不韋玷污了趙太后乃至自己的名聲。在秦始皇還沒有出生的時候，呂不韋將趙姬獻給了子楚。在嬴政出生後，各大諸侯國就在傳聞呂不韋是嬴政的親生父親。在嬴政即位後，母親趙太后依然和呂不韋私通。後來，呂不韋擔心東窗事發，乾脆找嫪毐來代替自己去侍奉趙太后。這嫪毐不僅和趙太后存在姦情，甚至生下了兩個兒子，這無疑威脅到嬴政的王權。
爲此，在鎮壓了嫪毐勢力後，秦王嬴政一併將怒氣甩向了趙太后和呂不韋身上。不過，考慮到呂不韋的功勞和求情的人太多，嬴政只是暫時放呂不韋一馬。但是，等到事件平息一段時間後，尤其呂不韋的勢力逐漸衰弱後，嬴政還是要決定要除掉呂不韋，維護太后和自己的名聲。
其次，呂不韋的權勢已經危害到秦王嬴政的君權。在呂不韋當政的時候，門客三千不乏精英人才，不僅如此，呂不韋還大肆炒作宣揚自己的《呂氏春秋》。在軍事上，呂不韋在位積極打擊三晉，透過建立東郡來南北分割六國，打破了六國抗秦統一聯盟。更爲關鍵的是，輔佐兩代君主的呂不韋，早已在政治勢力上形成一個龐大的集團。而這個政治集團，讓多疑的秦王嬴政更加猜忌了。
