深約2～4米
小清河上游水源補給主要來自濟南市內各泉，此外小清河在濟南市區睦裏莊分納部分玉符河水，因此亦可稱小清河首受玉符河。小清河自睦裏莊東流，經濟南市區、歷城、章丘、鄒平、高青、桓臺、博興、廣饒和壽光8縣，於羊角溝東注入渤海。河長233公里，流域面積10336平方公里，河道平均比降爲0.15/1000。流域南部爲低山丘陵，北部爲平原，主要支流均由右岸注入，流域河網密度0.27公里/平方公里。[1]
小清河由睦裏莊至黃臺板橋爲上游，河長22.2公里，比降爲0.45/1000，屬平原人工河道，濟南市濟南動物園以下，開始有堤防，河道逐漸展寬。黃臺板橋至廣饒石村爲中游，河長132.8公里，比降爲0.14/1000。石村至河口爲下游段，河長77.5公里，比降爲0.064/1000，水流平緩，受海潮頂託影響。
在歷下區境內，護城河是在舊城四周修建的人工河，全長6260米，轄區5534米。河水源出趵突泉、黑虎泉、珍珠泉、五龍潭四大泉羣。趵突泉羣、五龍潭泉羣水入西護城河，經北護城河，西濼河入小清河黑虎泉羣水入南護城河，經東護城河，菜市莊河入小清河珍珠泉羣水經曲水亭河入大明湖，出小北門，經北護城河、菜市莊河入小清河。大柳行頭河彙集東圩子壕溝等排水溝之水入小清河。（小清河干流不流經濟南市歷下區。）
在濟南市歷城區境內，由遙牆街道大碼頭村西入境，流向東北，經鴨旺口、朝陽、北柴、井家村東出境。境內全長17公里。河寬約50米，深約2～4米。流域面積712．32平方公里。
在濟南市章丘區境內，小清河從歷城區北柴家莊東北入境。濟南市的歷城區唐王街道與章丘區高官寨街道交界處幹流上建有柴莊節制閘。流經高官寨街道，從小賈莊入鄒平。過境河段長18.8公里，流域面積1651.6平方公里。
在濱州市境內，小清河自鄒平五龍堂入境，流經鄒平、博興兩縣，至博興縣道口村附近入東營市，境內河道長75.5公里，流域面積1009.4平方公里。
在淄博市桓臺縣境內，小清河干流從濱州市鄒平市張官莊北入境，西東流向，至崔家莊東北入濱州市博興縣，境內長18.8公里，排洪能力230立方米/秒。
在淄博市高青縣境內，小清河干流由濱州市鄒平市李金莊東南入縣境趨向東北，由黑裏寨鎮桑家南折向東南，經黑裏寨南2.5公里趨向東北，經龍桑樹鄉前陳南、樊家林鄉唐口南、於高城鎮堰頭南1公里出境入博興，境內長46.4公里。
在東營市境內，小清河自博興縣北營村北側與廣饒縣交界處入東營市境，由廣饒縣丁莊鄉與壽光縣交界處出境。
在濰坊市壽光市境內，在羊口鎮以東注入渤海。境內河道長33公里，流域面積585平方公里，防洪流量360立方米每秒，多年平均入境徑流量爲7.7億立方米。
