日本最長的河流是信濃川，全長約367公里。其次是利根川，全長爲322公里。全國共有幹流流程100公里以上的河流40餘條，其中幹流流程200公里以上的河流僅有10條。日本共有流域面積在 1000平方公里以上的河流64條，其中流域面積在1500平方公里以上的一級河流有44條。流域面積最大的河流是利根川（16840平方公里），然後依次是石狩川（14330平方公里）、信濃川（11900平方公里）、北上川（10150平方公里）——————日本全國共有大小湖泊600餘個，大部分分佈在日本列島的關東、東北和北海道地區。其中，水面面積在100平方公里以上的湖泊有四個，即：琵琶湖（670平方公里）、霞浦（約168平方公里）、撒婁瑪（猿澗）湖（約152平方公里）、豬苗代湖（約103平方公里）。 日本的湖泊多是火山湖 ，有的就是在火山的噴火口積水而成，因而具有小而深的特點。最深的田澤湖水深達423米。北海道的支笏湖和位於青森、秋田兩縣之間的十和田湖的深度也都超過了300米。
