1、種屬不同：
蜥蜴：屬於蜥蜴目蜥蜴科蜥蜴屬。
鱷魚：屬於鱷目鱷科爬行動物的總稱。
2、生活環境不同：
蜥蜴：棲息於內陸各種環境，甚至是沙漠地區。
鱷魚：棲息於河流湖泊，甚至淺海海域。
一、形態特徵不同
1、蜥蜴：蜥蜴類動物身體一般分爲頭、頸、軀幹、尾4個部分。身體表皮爲革質鱗，有些種類在鱗下還有小骨板，如石龍子、蛇蜥等。蜥蜴類動物牙齒細小，舌的形狀、長短隨品種而異。眼睛較發達，有些種類還有顱頂眼，除多數壁虎外眼瞼多能運動，穴居類型的眼睛多隱於皮下。
2、鱷魚：鱷魚的兩隻眼睛長在頭部的上端，它除了眼瞼以外，還有透明的瞬膜，這種結構使它能適應水中的環境。由於鱷魚的鼻孔位於上端的背面，裏面有瓣膜。
二、生活習性不同
1、蜥蜴：多數蜥蜴以昆蟲及部分齧齒類爲食，偶食家禽，其牙尖銳，具3個牙尖。草食性者(如鬣蜥)的牙冠寬，呈葉狀，具鋸齒狀切緣。
2、鱷魚：鱷魚平時喜歡棲息於湖泊沼澤的灘地或丘陵山澗亂草蓬蒿中的潮溼地帶。鱷魚往往給人以行動遲鈍的假象。
三、分佈範圍不同
1、蜥蜴：熱帶地區。
2、鱷魚：除南極洲外各大洲均存在。
類別不同：蜥蜴是爬行綱蜥蜴目的動物，而鱷魚則是鱷目的動物。
頭部不同：鱷魚的頭部扁平，大部分蜥蜴的頭部則要更圓一些。
牙齒不同：鱷魚的牙齒露在嘴巴外，蜥蜴則沒有這一特徵。
體型不同：鱷魚通常體型更大，蜥蜴的體型要小一些。
生活環境不同：很多蜥蜴生活在離水較遠的地方，但鱷魚很多都生活在水邊。
