本身差別不大，只是各自背景有差異。銀河麒麟是有軍方背景的，麒麟系統就純粹民營企業背景。都是基於 Linux 演變而來。
銀河麒麟操作系統（ Kylin Operating System ）是天津麒麟資訊技術有限公司旗下的國產 Linux 操作系統，源自國防科大"麒麟"、"銀河麒麟"操作系統，支援主流 X86 架構 CPU 以及國產飛騰 CPU 平臺。
湖南麒麟資訊工程技術有限公司（簡稱湖南麒麟）是 2007 年成立的一家民營企業，公司成立之初依託國防科技大學計算機學院，長期致力於資訊安全的研發，在集中管控和機要密碼等領域有一定的影響力。
