區別有3個，①定義不同，國有控股公司是指透過持有其公司達到決定性表決權的股份，而對該公司進行經營控制，並主要從事資本經營及其他生產經營的國有企業。
國有企業，由國家對其資本擁有所有權或者控制權，政府的意志和利益決定了國有企業的行爲。國有企業是國民經濟發展的中堅力量，是中國特色社會主義的支柱。②類型不同，國有企業指國務院和地方人民政府分別代表國家履行出資人職責的國有獨資企業、國有獨資公司以及國有資本控股公司，包括中央和地方國有資產監督管理機構和其他部門所監管的企業本級及其逐級投資形成的企業。
國有控股公司一般應包括四種情況的國有控股公司，即國家控股公司、國家投資公司、大型國有集團控股公司和地區國有控股公司。③關係不同，國有企業包括了國有控股公司。
國有控股公司是由國家單獨出資設立的國有獨資公司，或是由國家控股的股份有限公司或有限責任公司。除根據市場需要組織生產經營外，還要根據國家的產業政策和社會公益性事業需要組織生產經營，是特殊企業法人。國有控股公司由政府出資控股，受公司法規範。
國有企業作爲法人同一般企業法人比較，也有其特殊性。凡法人都應擁有獨立財產。一般企業法人對其財產擁有所有權，國有企業（這裏指國有獨資企業）對財產只享有經營管理權，而無所有權。
國控企業是指由中央國資委或地方政府所管控的企業，這裏面的企業的管理由中央國資委或地方政府負責，企業由國家佔有部分股權，但國家必須是第一大股東。而國企是指產權完全由國家控制，完全是由國家獨資經營的企業，國家是唯一的股東。
他們的區別是國有企業是國家全額出資註冊的企業，股權和利潤全部歸國家所有。其他地方政府機構不參股，國有控股企業是有國家投資控股在50%以上，而地方政府或其她單位可以參股，控股的權利由國有企業控制。其他單位和企業無權控股。
