首先不是所有的水晶都與瑪瑙共生，與瑪瑙共生的水晶也通常是小水晶、水晶芽。
其次瑪瑙和水晶的主要成分都是二氧化硅，只是結晶不同，瑪瑙是多結晶體，而水晶是單體。
水晶的生長環境，多是在地底下、巖洞中，需要含有飽和的二氧化硅的水溶液，同時此中的壓力約需在大氣壓力下的二倍至三倍左右，溫度則需在550－600℃間，再給予適當時間，水晶就會依着「六方晶系」（hexagonal system）的自然法則，而結晶成六方柱狀的水晶了。而瑪瑙的形成要比水晶的條件簡單，時間也快。我們知道，在地球的深部有大量處於熔融狀態的岩漿。當受到地質構造活動影響時，岩漿上升，涌入地球表層----地殼，在這一過程中，由於溫度、壓力等條件的改變，便從岩漿中分離出含二氧化硅的熱水溶液。當它流入岩石縫隙中後，冷卻沉澱發生的如果很快，就只能形成細顆粒的瑪瑙和玉髓之類的如果有充足的溫度和時間，就容易生長出水晶。同樣一個晶洞，在不同的生長髮育階段，冷凝的速度不同，內外形成的也不同，外面形成瑪瑙，裏面形成水晶。
