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平均海拔3169米。
祁連縣地處祁連山中段腹地,境內平均海拔3169米,縣城海拔2787米。
祁連山爲崑崙,秦嶺地槽褶皺系的一個典型加里東地槽,褶皺迥返於陸相泥盆系磨拉石建造之前。北祁連山及河西走廊見中、下泥盆統不整合於下古生界(如武威殺木寺)及加里東晚期花崗岩(如九條嶺南馬良溝等)之上拉脊山見中、下泥盆統不整合於中、上奧陶統之上。
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