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濟南海關於1987年3月籌備，1990年2月10日經國務院批准正式開關，對外開辦業務，隸屬於青島海關。2012年5月9日，經國務院和中央編委批准，濟南海關由原青島海關隸屬海關調整爲海關總署直屬海關，正廳級，爲中國第42個直屬海關。
12月13日，新的濟南海關正式掛牌。新組建的濟南海關負責濟南、泰安、淄博、濰坊、德州、濱州、聊城、東營等8市的海關業務。濟南海關揭牌暨領導班子任職儀式在濟南舉行。海關總署重新組建正廳級濟南海關，使山東擁有了青島、濟南兩個海關總署的直屬機構。
