聯邦制與共和制的根本區別在於地方政府與全國政府的關係不一樣。
聯邦制的地方政府（邦政府）與全國政府（聯邦政府）之間是相互獨立的，聯邦政府負責整個國家的外交和軍事，以及聯邦層面的事務，邦政府負責本幫除外交與軍事之外的所有事務，並不受聯邦政府支配。例如：美國和德國。
共和制的地方政府（省政府）與全國政府（中央政府）之間是從屬關係，中央政府對地方政府擁有絕對權力，地方政府完全服從中央政府的指令。例如：中國和法國。
一、共和制和聯邦制是兩個不同性質的制度。
1、共和制是指國家的政體，例如美國、法國、德國都是共和制政體。
2、聯邦制是指國家的構成形式，例如美國、俄羅斯、德國既是聯邦制組成的，在這些國家，既有過國家的憲法，而各邦也有自己的憲法和議會，軍隊及警察，除了外交和國防之外，他們基本是自制的。
二、共和制和聯邦制的區別主要有以下幾個方面：
1、概念不同：
共和制是國家機關選舉產生的一種制度。
聯邦制是由幾個成員國聯合組成國家的政治體制。
2、形式不同：
共和制是政權組織形式之一，即政體。
聯邦制是國家組織形式之一，即國體。
3、相對制度不同：
共和制與君主制相對。
聯邦制與單一制相對。
4、分類不同：
共和制分爲美式總統制、法式半總統制、俄式總統制、德意的純議會內閣制、人民民主專政、蘇維埃制、瑞士委員會制、1948年民國式、古羅馬式共和獨裁製及其變種的雙元首制、古阿拉伯式政教合一制、前利比亞民衆國制。
聯邦制可分爲鬆散、緊密兩大形式。緊密型聯邦是主流，如現在的俄美德印、大不列顛、北愛爾蘭聯合王國、前奧匈帝國、前蘇聯、前南斯拉夫聯邦。鬆散型聯邦比較少，實際是向緊密型或邦聯各自發展的過渡形式，要麼進爲緊密型，要麼退爲邦聯或者是直接解體。
5、特點不同：
共和制的主要特點是國家首腦經推選產生，重大事務由一個進階會議決定。
聯邦制的主要特點是有強力中央政權，能夠維護聯邦層面的整體利益。
