1、花朵形狀和顏色不同
黃色的牡丹石榴花朵是黃色的，而且通常都是單瓣的，形狀好像是喇叭又像鈴鐺，看上去黃的，也很是喜慶。
紅色的牡丹石榴花像牡丹花一樣，重重疊疊，雍容華貴，給人很高雅華貴的感覺。除了牡丹花型還有其他花型，花朵更大一些。
2、開花期長短不同
黃色的牡丹石榴花花期在5~6月份，一般也就是端午節前後，過了5~6月份之後，就不再開花，所以說黃色的牡丹石榴花花期並不太長。
紅色牡丹石榴花期很長，可以從5月份一直持續到9月份，屬於邊開花邊結果的石榴樹種，因此可以在同一棵石榴樹上，看到花果兼賞的情景，這種情況可以持續到石榴成熟，都有花賞。
3、幼苗開花早晚不同
黃色的牡丹石榴花幼苗，需要等到2～3年纔會開花，等到結果也需要3~5年。
紅色牡丹石榴就不同了，可以當年開花，來年結果，可以說是一種開花結果比較勤的品種。
4、根系不同
黃色的牡丹石榴花根系比較長，而且鬚根也比較少，種植起來成活率比較低，所以經常是帶大土球移栽，移栽的時候，需要把石榴樹的枝條進行修剪，這樣移栽起來才更容易成活一些。
紅色牡丹石榴的鬚根比較多，移栽的時候更容易成活一些。在種植的時候，在水中泡4~12個小時，等根系吸足水以後再進行種植，種植好之後，澆一次透水，然後等一週左右再澆一次透水，之後就等土壤乾燥一些後再澆水，比較耐旱。
