1、本質特性不同
植物新品種保護的本質特徵是對申請人知識產權即財產權的保護品種審定的本質特徵是對申請人生產秩序化限制的管理。
2、範圍不同
品種審定的新品種可以是新育成的品種，也可以是新引進的品種植物新品種保護的新品種，既可以是新育成的品種，也可以是對發現的野生植物加以開發所形成的品種。
3、特異性要求不同
品種審定突出品種的產量、品質、成熟期、抗病蟲性、抗逆性等可利用特性植物新品種保護主要從品種的外觀形態上進行審查，如植株高矮、種皮或花的顏色、葉片寬窄、株型等一個或幾個方面，明顯區別於遞交申請以前的已知品種。品種審定區試時所選的對照品種僅是當地主要推廣品種植物新品種保護所選的對照品種(近似品種)則是世界範圍內已知的品種，並在審查測試時需將申請品種、標準品種、近似品種種植在一起進行比較。
4、新穎性要求不同
品種審定不管在審定前是否銷售過，而植物新品種保護則要求在申請前銷售未超過規定時間。
5、審查機構和層級不同
品種保護的受理、審查和授權集中在國家一級進行，由植物新品種保護審批機關負責品種審定實行國家與省兩級審定，由品種審定委員會負責。
6、推廣使用有差別
審定品種可以推廣應用而授權品種不一定能全部透過品種審定。
