在發放的當月預算預扣預交個人所得稅，並在實際發放的當年，與全年的工資薪金一起或者合併計算或者單獨計算（年終獎可單獨計算）進行個人所得稅的彙算清交，少預交就補交，多預交就退稅。儘管是補發了3年的獎金，但是個人所得稅，如工資與獎金都是以實際發放來計稅交稅的，不存在先計提先交的，何況還跨年呢。
單位補發3年獎金扣個稅情況如下，1.單位補發的工資、獎金屬於補發以前月份固定工資，則應分月與原發工資合併計算繳納個人所得稅
2、單位補發的工資、獎金，屬於補發以前月份有考覈性質的工資，則應按個人取得數月獎金有關規定計算繳納個人所得稅
3、屬於全年一次性獎金的，按個人取得全年一次性獎金有關規定計算繳納個人所得稅。
首先關於個人所得稅退稅問題，一般都是當年退上年的錢，如果你今年收到了單位補發的3年的獎金，那麼會到明年個人所得稅退稅期間進行退稅申請，按照你申報條件，去除免稅額，可以得出你本人具體需要退或補多少稅，不過單位可以補發獎金，這單位實在是太好了。
