1、性質不同，科技局全稱爲科學技術局(最進階別機構爲中華人民共和國科學技術部，市縣級稱科技局)，屬政府職能部門，爲行政機構。而科協是科技工作者的羣衆組織，是中國共產黨領導下的人民團體，不是行政機構。
2、隸屬不同，科技局屬政府職能部門，領導機構爲政府機關，如科學技術部是國務院組成部門，領導機關爲國務院。而科協是黨委領導下的科技工作者羣衆團體，屬黨羣機構，如中國科學技術協會屬中直系統，由中央書記處直接領導。
3、職能及任務不同，科技局是人民政府貫徹實施黨和國家的科技方針，政策和法律、法規負責全縣科技體制改革研究制定全縣科技進步的措施、意見和辦法的工作部門。
有兩點區別:
第一，機構不同。科技局是人民政府的重要職能部門、是組成局而科協則是羣團部門。
第二，職責不同。科技局負責科技工作宏觀管理、科技規劃的制定和實施等而科協則負責相關組織協調、開展科技學術交流等。
一、職位不同：
科技局屬於國家行政機關，裏面就是所謂的公務員。
科協屬於社會團體，但比較特殊，是參照公務員法管理單位，編制由組織部確定，屬於同級相關主管部門管轄下，相同性質的還有作協，紅十字會等。
二、職能不同：
科協主要任務是開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展，推動自主創新。中國科協以及省市區科協的一些下屬單位是事業單位。
科技局是管理科技事物、行政執法。
三、性質不同：
“科協”，是科學技術協會簡稱，是科技工作者的羣衆組織和人民團體，不是政府部門，沒有行政執法權，因而也不屬於行政單位。
各級科學技術學會，作爲同級黨和政府聯繫科學技術工作者的橋樑和紐帶，作爲推動科學技術事業發展的重要力量，主要任務是開展學術交流，活躍學術思想，促進學科發展，推動自主創新。中國科協以及省市區科協的一些下屬單位是事業單位。
科學技術局，研究擬定科技發展戰略、中長期規劃和年度計劃研究提出合理配置科技經費的意見和建議負責歸口管理的科學事業費、“科技三項費用”等有關經費的預、決算。
