場人物標註
T：修帝，J：紅豆杉博士，R：阪木老大/真鳥/富林多/塞格博士，D：東·喬治，F：真菰博士，B：白露，C：赤霞珠，P：等離子隊，H：帥哥，K：甘尼洋，A：赤楠，N：蘭葛蕾，L：路克
草系、火系、水系道館(1~6)
BW01.前往合衆地方!捷克羅姆的身影!!T/J/R（修帝、艾莉絲、紅豆杉博士登場，修帝得到藤藤蛇，修帝與小智第一次對戰，小智落敗）
BW02.艾莉絲與牙牙!!T/J/R（火箭隊原有神奇寶貝寄放在本部，艾莉絲同行，武藏收服滾滾蝙蝠，小智收服豆豆鴿）
BW03.水水獺!黑眼鱷!危在旦夕!!J（小智得到水水獺）
BW04.對戰俱樂部!神祕的神奇寶貝現身!!R/D（東·喬治登場，小智得到暖暖豬）
BW05.三曜道館!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R/D（天桐登場）
BW06.夢的遺址!食夢夢和夢夢蝕!!R/F（小智得到挑戰徽章，真菰博士博士登場，艾莉絲與天桐加入）
一般系道館(7~16)
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R（小智收服藤藤蛇）
BW08.火紅不倒翁與達摩狒狒!鐘塔的祕密!!
BW09.蜈蚣王發飆!救出牙牙!!R
BW10.勁敵對戰!強敵輕飄飄!!T/R/D（富林多登場，修帝與小智第二次對戰，小智落敗）
BW11.石居蟹!取回自己的家吧!!R（天桐得到石居蟹）
BW12.破破袋戰隊與祕密基地!?（小智得到神奇寶貝蛋）
BW13.泡沫栗鼠有潔癖!?J/B（白露登場，白露收服泡沫栗鼠）
BW14.七寶市!博物館大冒險!!R
BW15.七寶道館賽!VS道館訓練家·蘆薈!!D（小智挑戰七寶道館落敗）
BW16.再次挑戰七寶道館!新絕招爆發!!D（小智得到基礎徽章，暖暖豬學會火焰襲擊，水水獺學會噴射水柱）
蟲系道館(17~23)
BW17.從蛋中孵出的小霸王!!R（小智的蛋孵化成滑頭小子，塞格博士登場）
BW18.矢車森林!蟲寶包與亞堤!!（小智收服蟲寶包，並與豆豆鴿交換)
BW19.酒侍對決!石居蟹VS雙刃丸!!C（赤霞珠登場）
BW20.皮卡丘VS黑眼鱷VS鴨寶寶!!（皮卡丘學會電球）
BW21.天之箭橋與歌德小姐!!J（豆豆鴿歸隊，並與蟲寶包交換）
BW22.飛雲市!百足蜈蚣恐慌!!T/J/R（豆豆鴿進化成波波鴿）
BW23.飛雲道館賽!純情之心的蟲系神奇寶貝對戰!!R（小智得到甲蟲徽章，蟲寶包歸隊，並與波波鴿交換和進化成寶包繭與學會能源球，小次郎得到哭哭面具）
電氣系道館(24~?)
BW24.要小心可愛臉蛋!被導電飛鼠電到發麻!!B（艾莉絲得到導電飛鼠）
BW25.導電飛鼠VS藤藤蛇!交換伏特大混亂!!B
BW26.燭光靈大宅的恐～怖故事!!R
BW27.通往龍系大師之道!牙牙VS赤面龍!!（牙牙掌握龍之怒）
BW28.消失的扇貝貝!水水獺最大的危機!!K（甘尼洋登場）
BW29.戀愛的木棉球乘着風吧!!（波波鴿歸隊，並與寶包繭交換）
BW30.利格雷與不明飛行物體!!
BW31.勁敵對戰!雪花冰、搬運小匠參戰!!T/A（赤楠在修帝回憶中登場，修帝與小智第三次對戰，平手）
BW32.震音蟾蜍、泥巴魚!水邊的戰鬥!!T（水水獺掌握噴射水柱，小智收服震音蟾蜍並將其寄放，寶包繭歸隊，並與波波鴿交換，天桐收服泥巴魚）
BW33.龍系剋星登場!艾莉絲與龍頭地鼠!!N（蘭葛蕾登場，龍頭地鼠再次服從與信任艾莉絲並學會集氣彈）
BW34.石丸子!發射光澤電炮!!（小智收服石丸子，並與寶包繭交換）
BW35.偵探酒侍天桐!差不多娃娃失蹤事件!!R
BW36.化石復活!古代怪鳥古翼龍!!J/R/F（波波鴿歸隊，並與滑頭小子交換）
BW37.釣魚酒侍!天桐登場!!B
BW38.索羅亞大電影!神奇寶貝騎士的傳說!!L（路克登場，寶包繭歸隊，並與滾地球交換）
BW39.全員集合!東之對戰!!T/D/B/C/K/N/L（震音蟾蜍歸隊，並與寶包繭交換，赤霞珠止步16強）
BW40.激鬥東之對戰!藤藤蛇VS鐵刃小兵!!T/D/B/C/K/N/L（修帝與白露止步16強）
BW41.白熱化東之對戰!導電飛鼠VS打擊鬼!!D/B/C/K/N/L（蘭葛蕾，天桐與甘尼洋止步8強）
BW42.決戰東之對戰!小智對艾莉絲!!D/B/C/K/N/L（8月11日，路克止步4強，艾莉絲止步決賽，小智奪得冠軍和羽毛）
BW43.交涉者·喵喵!猾冠蜥勸說作戰!!R（8月18日）
BW44.要小心扒手貓!喵喵與水水獺!!（8月25日）
BW45.奧貝姆與雙卵細胞球與夢賊!!（9月1日）
BW46.交涉者·喵喵!突破凍原熊之森!!（9月8日）
未播*
*火箭隊VS等離子隊!（前篇）J/R/P/H（延期）（等離子隊登場）
*火箭隊VS等離子隊!（後篇）J/R/P/H（延期）（火箭隊任務結束）
【說明：因3.11東日本地震，部分原定播出內容受影響，原BW23，BW24暫未播出，原BW26延遲在原BW39（現BW37）之後播出，內容也有少許改動，所以變成BW37。因上述原因，集數編號不能與網上視頻對應，所以請自行增加集數2或3集，然後再觀看。這排法是根據日本官網公佈的正確排法，所以請不要擅自修改。】
