柱狀黃桿菌(Flavobacterium columnare)屬擬桿菌門、黃桿菌綱、黃桿菌目、黃桿菌科、黃桿菌屬，是一種嚴格需氧的革蘭氏陰性菌，以產生黃色色素爲特徵，呈桿狀或球杆狀，具有滑動能力和團聚性，無芽胞和莢膜。
柱狀黃桿菌菌落形態大小不一，中央較厚，顯色較深，並向四周擴散成顏色較淺的假根鬚狀。從病魚病變部位直接採集病料或新鮮培養物中的細菌，其形態比較均一，大小0.5-0.7μm×4-8μm，少數菌體長度達15-25μm。隨着培養時間的延長，細菌菌體變長，呈極不規則的形態，如長絲狀、波狀或輪狀等，其老齡培養物常形成不規則的圓球體狀顆粒。
