待種株中上部長出雌花時就要進行人工授粉，一般在早晨8時前進行爲宜，因爲此時花柱溼潤，容易黏着花粉完成授粉受精過程。選擇種株上開放的雄花，去其花瓣，露出花葯，往雌花柱頭上一抹即可。
授粉後要進行打頂摘心，即在佛手瓜生長點以下30釐米左右處掐莖打頂，等到側枝長出30釐米左右時，再按照同樣的方法掐莖打頂，以控制植株生長點部位升高，促生側枝，控制植株的營養生長，促進果實的發育。
棚內如果沒有放養蜜蜂，不會造成種瓜的串花污染，就沒有必要給瓜條套袋。種株的肥水管理和其他植株一樣。留種瓜要根據種株的長勢，長勢好的每株可留2~3個種瓜，長勢差的留一箇中部節位的瓜條即可。
露地栽培的佛手瓜一般不用人工授粉。在日光室栽培的佛手瓜，應該在開花結果期，昆蟲活動已經減少，加強人工授粉。在花盛開時，及時採集雄花，並剝掉花冠，一朵雌花用一朵雄花授粉，一般需要在早晨的8-9點進行。
