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第一，菜鳥的經營模式與國際快遞不同。中研普華研究員劉恆輝在接受《中國產經新聞》記者採訪時曾表示，國際上快遞大多數以自營加代理的模式爲主。而菜鳥的經營模式主要是加盟的形式，那麼菜鳥出海面臨最大的挑戰就是經營模式的轉變問題。
如果菜鳥在國外繼續以加盟的形式發展，則與國際快遞的主要運營模式不同，而且國外快遞市場比較成熟，菜鳥出海在業務上可能很難有爆發式的增長，因此存在的挑戰性比較大。但如果是自營的模式，菜鳥則要承受網點、配送員等各方面的成本壓力。不管是哪種經營模式，菜鳥所遇到的挑戰都不小。
第二，運輸的環境不同。菜鳥在國內有空運、車運等多種運輸方式，並且運輸路程相對於國外來說比較短，因此，在運送時間上也比較好把控，能較好爲國內用戶提供高效的物流服務。而菜鳥在國際快遞業務上，大多數都採用空運。但是快遞發往別的國家時，由於運輸載體的限制、天氣的影響以及不同國家的地勢情況，都會影響到物流時間，可能難以保證快遞送達時的品質。如何解決這些問題，也是菜鳥發展物流全球化必須要面對的挑戰。
第三，共享物流數據的挑戰。菜鳥佈局國際快遞還處於初級階段，擁有的國際數據比較少，還不能很好的發揮其大數據智能分析的優勢，因此這就需要物流數據共享。而在國內，菜鳥與順豐曾爲數據問題爭鬥，更何況菜鳥要與不同國家的快遞數據共享，這其中的難度也是顯而易見的。畢竟不同國家的法律法規不同，可共享數據範圍不同，並且也沒有一個可以共享數據的平臺，可想而知，菜鳥要想實現數據共享這一目標，也要面臨不少挑戰。
