在畜禽粪便处理设备中有好氧发酵和厌氧发酵两种。
好氧发酵是采用堆肥发酵的方式，一种是厌氧的发酵方式，这两种发酵方式都有各自的利弊。
做好氧堆肥的时间上是比较长的，在占地面积上也是较大的，在通常情况下，好氧发酵的时间在15-20天左右，这也只能叫前发酵期，在国外做堆肥的情况下，一般遵循的是六十天的准则。
在厌氧的发酵过程中有一个突出的问题就是经过发酵产生的甲烷气体之后，剩余的排泄物容易造成二次污染，一直以来，畜禽粪便能购合理的规范化进行资源利用，农业进一步明确了有关标准和要求。
所以在选择发酵设备的时候，只要场地允许的情况下，多数人还是选择好氧发酵。
