生态系统多样性是指生物圈内栖息地、生物群落和生态学过程的多样性，以及生态系统内栖息地差异和生态学过程变化的多样性。在各地区不同物理背景中形成多样的生境，分布着不同的生态系统一个生态系统其群落由不同的种类组成，它们的结构关系(包括垂直和水平的空间结构，营养结构中的关系，如捕食者与被捕食者、草食动物与植物、寄生物与寄主等)多样，执行的功能不同，因而在生态过程中的作用也很不一致。
生态系统多样性既与生境的变化有关，也与物种本身的多样性和兴旺的程度密切相关。生境提供能量、营养成分、水分、氧和二氧化碳，使整个生态系统正常地执行能量转化和物质循环的复杂过程，从生产、消费到分解，保证物种的持续演变和发展。生物多样性和生态过程(能量转化、水分动态、氮素和营养元素循环、捕食、共生和物种形成等)构成了生物圈的基本组成部分，是人类赖以生存的物质基础。
生态系统多样性
生态系统多样性指的是一个地区的生态多样化程度。它区别于物种多样性，物种多样性指的是物种的种类而不是生态系统。而生态系统多样性涵盖的是在生物圈之内现存的各种生态系统（如森林生态系统，草原生态系统）也就是在不同物理大背景中发生的各种不同的生物生态进程。
