待种株中上部长出雌花时就要进行人工授粉，一般在早晨8时前进行为宜，因为此时花柱湿润，容易黏着花粉完成授粉受精过程。选择种株上开放的雄花，去其花瓣，露出花药，往雌花柱头上一抹即可。
授粉后要进行打顶摘心，即在佛手瓜生长点以下30厘米左右处掐茎打顶，等到侧枝长出30厘米左右时，再按照同样的方法掐茎打顶，以控制植株生长点部位升高，促生侧枝，控制植株的营养生长，促进果实的发育。
棚内如果没有放养蜜蜂，不会造成种瓜的串花污染，就没有必要给瓜条套袋。种株的肥水管理和其他植株一样。留种瓜要根据种株的长势，长势好的每株可留2~3个种瓜，长势差的留一个中部节位的瓜条即可。
露地栽培的佛手瓜一般不用人工授粉。在日光室栽培的佛手瓜，应该在开花结果期，昆虫活动已经减少，加强人工授粉。在花盛开时，及时采集雄花，并剥掉花冠，一朵雌花用一朵雄花授粉，一般需要在早晨的8-9点进行。
