1、首先執業醫師和助理醫師考試內容不一樣，執業醫師考試測試基礎科目，專業科目和公共科目三部分。臨床、口腔、公衛醫師資格考試醫學綜合筆試測試分為基礎綜合、專業綜合和實踐綜合三部分。助理醫師測試基礎醫學綜合、專業科目和公共科目三部分。
2、執業醫師和助理醫師資格考試的實踐技能考試部分可能差別不太大，但是，在醫學綜合筆試部分，助理醫師考試的難度就要比執業醫師低得多。
3、同樣的考試時間內，助理醫師的筆試題總題量只有執業醫師的一半，此外，醫學綜合筆試全部採用選擇題的形式，不用A型和B型，A1 （單句型） 、A2（病例摘要性） 、A3（病例組型）、A4（病例串型）、B1（標準配伍形，即多題共用備選答案）五種題型。助理醫師考試會適當減少或不採用A3型題，考試難度明顯降低。
